据《重建头陀密智禅寺碑记》等记载,开山较早,相传唐代高僧玄觉(665—713)曾栖迟于此。明末林增志(1593—1667)青年时寓寺读书。后于崇祯元年(1628)中进士,官翰林编修,和黄道周、倪元璐友善。唐王建号隆武,起为礼部右侍廊兼东阁大学士。旋任文渊阁大学士、礼部尚书。隆武死难,增志出奔沙县,至吕峰山从逾遵长老出家,改名行帜,法号法幢。顺治五年(1648),归住密印寺旧日读书处,见寺宇行将倾圮,矢志修复,历时四载,遂于八年冬落成。唐高僧永嘉大师(或称宿觉、元觉、真觉大师)先实栖迟于此。明寺宇规制伟然,与浙江北部的双经、天童、雪窦等诸大佛寺差不多雄伟。密印寺在1982年被公布为温州市级文物重点保护单位。历年来,密印寺数次进行大规模的维修。
密印寺1981年列为温州市第一批文物保护单位。
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